Alur pendaftaran Program Magister:

1. Melakukan pendaftaran secara online di laman: https://sister.unej.ac.id/pascasarjana mengisi tanggal lahir, NIK, nama lengkap, nomor whatsapp aktif, alamat email, jenis kelamin, pilihan strata, pilihan program studi dan menyelesaikan hasil perhitungan. Kemudian tekan tombol daftar untuk mendapatkan akun yang berisikan informasi KAP dan PIN pada alamat email yang telah didaftarkan.
2. Login ke laman https://sister.unej.ac.id/pascasarjana dengan memasukkan KAP dan PIN yang telah didapat, mengisikan data personal, informasi pendidikan, informasi pekerjaan, mengunggah file pas foto 4×6 (ukuran file maksimum 100 kb, resolusi 400×600 dengan format file jpg) dan berkas persyaratan meliputi:
   a. Fotocopy ijazah S1 yang telah dilegalisir;
   b. Fotocopy transkrip yang telah dilegalisir;
   c. Rekomendasi akademik;
   d. Surat keterangan kesehatan;
   e. Surat izin instansi bagi yang sudah bekerja;
   f. Sertifikat TPA (skor minimal 450) yang dikeluarkan oleh BAPPENAS atau Program Pascasarjana Universitas Jember atau Perguruan Tinggi Negeri lain;
   g. Sertifikat TKBI (skor minimal 475) yang dikeluarkan oleh Pusat Bahasa Universitas Jember/ Program Pascasarjana Universitas Jember atau Pusat Bahasa Perguruan Tinggi Negeri atau Sertifikat TOEFL ITP (skor minimal 475) yang dikeluarkan oleh Lembaga yang diakui oleh The Indonesian International Education Foundation (IIEF).
   Setelah selesai mengunggah seluruh berkas persyaratan kemudian tekan tombol simpan dan lanjutkan serta kirim data.
3. Verifikasi dan validasi persyaratan administrasi pendaftaran.
4. Mencetak tagihan dan membayar biaya pendaftaran Program Pascasarjana Universitas Jember sebesar Rp. 600.000,- (enam ratus ribu rupiah) untuk Program Studi Magister (S2) ke bank yang bekerjasama dengan Universitas Jember.
5. Mencetak kartu peserta Penerimaan Mahasiswa Baru Program Pascasarjana Universitas Jember Tahun 2025.
6. Tes wawancara bagi Program Studi Hukum, Kenotariatan, Ilmu Administrasi, Agronomi, Agribisnis, Pengelolaan Sumber daya Air Pertanian, Keperawatan dan Farmasi.
7. Bagi peserta yang lulus tes wawancara, akan mendapatkan Letter of Acceptance (LoA) dari Program Pascasarjana Universitas Jember sebagai bukti diterima menjadi mahasiswa baru Universitas Jember.